Идея строительства железной дороги до г. Якутска появилась в начале XX века. Ещё в 1906 году Совет министров России под председательством С. Ю. Витте обсудил необходимость укладки этой магистрали и принял соответствующее решение. Но осуществить его не удалось — началась русско-японская война.

В 1912 году Государственная Дума России рассмотрела смету на строительство железной дороги в Якутскую область. Но до начала работ дело так и не дошло, в преддверии Первой мировой войны в приоритете у государства были другие задачи.

Уже в советской России в 1931 году Академия наук СССР, по обращению председателя ВЦИК и Совнаркома ЯАССР Максима Аммосова, организовала научно-исследовательскую экспедицию с целью изучения производственных и этнических сил Якутии. Вопрос строительства железной дороги в рамках экспедиции исследовался учёными отдельно. И по итогам изысканий специалистов АЯМ получил серьёзное научное обоснование. В конце тридцатых — начале сороковых годов первые километры рельс были проложены от Транссиба на север, но снова вмешалась война — Великая Отечественная. Рельсы были демонтированы и отправлены на сталинградскую рокаду.

И только через четверть века — в середине шестидесятых, с началом интенсивного освоения месторождений золота, олова, сурьмы, угля и алмазов в Якутии, в связи с принятием решения о формировании Южно-Якутского территориально-производственного комплекса, строительство АЯМ признали необходимым.

В 1975 году началось строительство линии Тында-Беркакит, а через 10 лет, в 1985 году, бамовцы — коллектив отряда «Якутский комсомолец», приступили к строительству железной дороги Беркакит-Томмот-Якутск.

Сложности переходного периода не способствовали продвижению строительства. И в 1995 году, чтобы уложить эту важнейшую для экономики России железнодорожную линию, издаётся распоряжение Правительства Российской Федерации № 862-р «О мерах по завершению строительства железнодорожной линии Беркакит-Томмот-Якутск (правый берег р. Лены)». На основании этого документа на базе ликвидированного Министерства по делам Амуро-Якутской магистрали и реорганизованного государственного предприятия «Дирекция по строительству железной дороги Беркакит-Томмот-Якутск» было создано открытое акционерное общество «Акционерная компания „Железные дороги Якутии“».

Сегодня АО «АК "ЖДЯ"» — это, по сути, целая железнодорожная отрасль самого большого субъекта Российской Федерации, ставшая для него за два десятилетия одной из основных прогрессивных составляющих экономики. Якутия — один из самых богатых по природным запасам регионов. Благодаря запущенной части ветки уже начато освоение Денисовского, Чульмаканского и Инаглинского месторождений угля. А вдоль проложенной колеи насчитывается более полутора тысяч разведанных месторождений различных полезных ископаемых, в том числе нефти и газа. Железная дорога также мощный толчок и для социального развития региона. Её наличие обеспечивает транспортную доступность и своевременную доставку жизненно важных грузов. Десятки поселков и городов Южной и Центральной Якутии получили круглогодичную связь с основной сетью железных дорог страны.

Деятельность АК «Железные дороги Якутии» имеет важное стратегическое значение не только для Якутии, но и для Дальневосточного края, а, значит — для России в целом. Во-первых, АК «ЖДЯ» — неотъемлемая часть создания территории опережающего социально-экономического развития (ТОСЭР), планирующейся к формированию в районе Нижнего Бестяха, где будет создан крупнейший на северо-востоке России транспортно-логистический узел, объединяющий три федеральные автодороги, железнодорожную магистраль и водную транспортную артерию, связывающую БАМ с Северным морским путём. Во-вторых, с возведением мостового перехода через реку Лену в районе города Якутска железная дорога сможет двинуться дальше — в Магадан, чтобы соединить ещё один богатейший регион с основной частью России.