ОАО «АК "Железные дороги Якутии"» (ОАО «АК "ЖДЯ"») — предприятие, созданное 2 октября 1995 года для управления и завершения строительства Амуро-Якутской железнодорожной магистрали.

В 1996 году началась эксплуатация железнодорожного участка Нерюнгри — Алдан.

В 2002 году грузовое сообщение было открыто на участке Нерюнгри — Томмот

2004 год было открыто регулярное пассажирское сообщение.

В 2006 году после визита Президента РФ Владимира Путина в Якутию было подписано соглашение «Об осуществлении деятельности по организации перевозок грузов в грузовых вагонах и контейнерах в прямом сообщении», благодаря которому, ОАО «АК "ЖДЯ"» официально было признано инфраструктурой железнодорожного транспорта общего пользования.

В 2007 году 50 % акций, принадлежавших Российской Федерации, были переданы в собственность ОАО «Российские железные дороги». В том же году специалистами компании совместно с Федеральной службой по тарифам было разработано тарифное руководство для перевозок грузов по инфраструктуре Нерюнгри — Томмот.

В 2009 году было открыто рабочее движение на участке Томмот — Амга.

В 2010 году была произведена укладка «Серебряного звена» на станции Кердем. 15 ноября 2011 года была произведена укладка «Золотого звена» на линии Беркакит — Томмот — Нижний Бестях. В мероприятии приняли участие Президент РФ Дмитрий Медведеви глава ОАО «РЖД» Владимир Якунин. Протяженность линии в настоящий момент составляет 808 км. Дальнейшим шагом в развитии дороги станет строительство совмещенного автомобильно-железнодорожного моста через реку Лена.

Дмитрий Медведев на укладке «Золотого звена»

В 2007 году силами ОАО «АК "ЖДЯ"» в городе Якутске была проведена I международная научно-практическая конференция «Модернизация тепловозов. Пути решения», в которой приняли участие ведущие специалисты со всего мира. По результатам конференции было решено начать модернизацию локомотивного парка Железных дорог Якутии с применением технологий General Electric. Местом проведения работ был выбран Полтавский тепловозоремонтный завод, и к 2010 году парк магистральных тепловозов 2ТЭ10компании был полностью модернизирован, после чего в городе Кирове была проведена II международная научно-практическая конференция «Современные технологии модернизации тягового подвижного состава для предприятий железнодорожного транспорта и частных операторов», в ходе которой была достигнута договоренность о модернизации парка маневровых тепловозов ТЭМ2 на



Модернизированный тепловоз ТЭМ2 базе Кировского машзавода 1 мая. Модернизированный тепловоз2ТЭ10МПGE